En 1939, lorsqu'éclate la Seconde guerre mondiale, les compétitions sont maintenues, mais joueurs et dirigeants sont, dans le meilleur des cas, mobilisés, sinon faits prisonniers. Le gouvernement de Vichy voit d'un mauvais oeil le professionnalisme, qui demande dès 1940 sa suppression. En 1943, le colonel Pascot crée des équipes régionales, qui font péricliter les clubs. Avec la Libération, le football reprend ses droits en France. Trois ans après la fin de la guerre, le Nîmes Olympique se restructure petit à petit, avec l'arrivée de joueurs comme Golinski, Rouvière, Firoud ou Dakowski. Et à l'orée des années 50, les Crocodiles réussissent le double exploit de finir champion de Division 2 tout en parvenant en demi-finale de la coupe de France, seulement éliminé par le Racing Club de Paris (0:3).